IPK-Fellowships für Kulturpflanzenforschung

(Bachelor-, Master-Arbeiten / Praktika)

 

Das IPK bietet die Möglichkeit, Abschlussarbeiten und Praktika von hoher wissenschaftlicher Qualität durchzuführen. Im Rahmen des IPK-Fellowships arbeiten Sie an einem spezifischen Forschungsthema im engen und regelmäßigen Austausch mit Ihrer Betreuerin bzw. Ihrem Betreuer. Ihnen steht eine große Auswahl an möglichen Projekten zur Verfügung. Bitte informieren Sie sich auf dieser Seite über Forschungsthemen, die Sie interessieren, und nehmen Sie persönlichen Kontakt zur Ansprechperson auf.

 

Sie passen zu uns:

  • Sie haben großes Interesse an Pflanzengenetik, Physiologie, Taxonomie oder Bioinformatik.
  • Sie sind hoch motiviert und kommunikativ und besitzen gute Englischkenntnisse.

Wir bieten Ihnen:

  • Sie erhalten eine bis zu maximal 6 Monate befristete Vergütung als Wissenschaftliche Hilfskraft (Voraussetzung für eine Stelle als Hilfskraft ist die Immatrikulation an einer Universität oder einer Hochschule)
  • Sie können auf Anfrage eine kostenpflichtige Unterkunft in Campusnähe mieten.

 

Projekte 

 

 

Development of sequence assembly methods for large plants genome

 

Assembling a highly contiguous and accurate reference genome sequence is a prerequisite for genetic and functional studies at the whole-genome level. As sequence technologies evolve, researchers can select from a plethora of methods to assemble the best genome sequence possible. The computational project (targeted at students of computer science, bioinformatics or related disciplines) aims at extending, simplifying and benchmarking an existing prototypic pipeline for genome sequence assembly and applying it to real datasets for large plant genomes. See: Mascher et al. A chromosome conformation capture ordered sequence of the barley genome. Nature 2017.ve-cell CRISPR imaging in plants reveals dynamic telomere movements. Plant J 91, 565-573.

 

Please visit our website for more information on the work of our group: [link]http://tinyurl.com/dg-ipk

 

If you are interested in this topic, please contact Dr. Martin Mascher for further information.

 

 

 

 

 

Design and implementation of generic RESTful-APIs for omics databases

 

The thematic frame for theses is the design and implementation of RESTful services that open institutional databases to provide self-describing data access. A reference implementation should be realized in a JVM-based programming language, preferably Java or Groovy. The use case focuses on API-level access as well as containerized export of genotyping and phenotyping datasets using the ISA concept. ISA is a generic concept to provide domain independent and self-describing data exchange of investigations (project context), studies (unit of research) and assays (measurement) of data entities. It supports data serialization as TSV files, JSON or RDF.

 

If you are interested in this topic, please contact Daniel Arend ([link]arendd(at)ipk-gatersleben.de) for further information. Tel.: +49 (0)394825842.

 

Please visit our website for more information on the work of our group:

 

[link]http://www.ipk-gatersleben.de/zuechtungsforschung/bioinformatik-und-informationstechnologie/

 

 

 

 

 

Development of CRISPR-based methods suitable for life imaging of chromosomes

 

Elucidating how the genome is spatio-temporally organised inside the nucleus is imperative to understand the regulation of genes and non-coding sequences during development. Emerging techniques of chromatin imaging promise to bridge the long-standing gap between sequencing studies disclosing genomic information and imaging studies providing spatial and temporal information. The project aims to harness the CRISPR-Cas9 system to develop a pioneering tool to visualize defined genomic loci in living cells of eudicot and monocot plants. see: Dreissig et al (2017). Live-cell CRISPR imaging in plants reveals dynamic telomere movements. Plant J 91, 565-573.

 

Please visit our website for more information on the work of our group:

 

[link]http://www.ipk-gatersleben.de/zuechtungsforschung/chromosomenstruktur-und-funktion/

 

If you are interested in this topic, please contact [link]Prof. Dr. Andreas Houben for further information.

 

 

 

Isolation and characterization of specific recombinant antibodies against the centromere-specific histone H3 variant CENH3 of cow pea (Vigna unguiculata)

 

We are looking for a student in Biology, Biochemistry or in a related field of study for performing a Master Thesis work with the topic “Isolation and characterization of specific recombinant antibodies against the centromere-specific histone H3 variant CENH3 of cow pea (Vigna unguiculata)”. These antibodies, preferably nanobodies, will later be used to degrade CENH3 proteins from the nucleus of cowpea egg cells by directed proteolysis (1), in order to disturb chromosome distribution in zygote development and, thus, to produce haploids as a presumption for application of modern and fast breeding technologies to essentially improve an African crop plant (2).

 

The work will include Phage Display Screening to isolate suitable nanobodies and/or ScFv fragments. The planned experiments include expression and purification of the recombinant antibodies by affinity chromatography, as well as physical (sequencing) and functional characterization (binding constants, specificity by ELISA and BIACORE techniques). You will receive compensation as a scientific research assistant for 6 months. (The requirement for a position as a student research assistant is a Bachelor and the enrolment at a University or College as a Master student). An accommodation at your expenses near campus will be provided.

 

We expect basic knowledge in microbiology, biochemistry and genetic engineering as well as high interest in genetics, cell biology, chromosome biology and synthetic biology. The experiments will be performed in the Phytoantibody Group at the IPK ([link]http://www.ipk-gatersleben.de/en/molecular-genetics/phytoantibodies/) in cooperation with the Research Group Chromosome Structure and Function ([link]www.ipk-gatersleben.de/en/breeding-research/chromosome-structure-and-function).

 

Baudisch B, Pfort I, Sorge E, Conrad U Nanobody-directed specific degradation of proteins by the 26S-proteasome in plants. Front. Plant Sci. 9 (2018) 130.

 

Ishii T, Karimi-Ashtiyani R, Houben A Haploidization via Chromosome Elimination: Means and Mechanisms. Annual Review of Plant Biology. Vol. 67 (2016) 421-438.

 

If you are interested in this topic, please send your applications and questions to:

 

Professor Dr. Udo Conrad, [link]conradu(at)ipk-gatersleben.de, 039482 / 5253 or

 

Professor Dr. Andreas Houben, [link]Houben(at)ipk-gatersleben.de, 039482 / 5486

 

 

 

 

 

Isolation und Charakterisierung von spezifischen rekombinanten Antikörpern gegen das Zentromer-spezifische Histon H3 (CENH3) der Kuherbse (cowpea, Vigna unguiculata)

 

Wir suchen eine/einen Studentin/Studenten der Biologie, der Biochemie oder eines verwandten Faches für eine Masterarbeit mit dem Arbeitstitel „Isolation und Charakterisierung von spezifischen rekombinanten Antikörpern gegen das Zentromer-spezifische Histon H3 (CENH3) der Kuherbse (cowpea, Vigna unguiculata)“. Diese Antikörper, vorzugsweise Nanobodies, sollen später genutzt werden, um CENH3-Proteine in Eizellen oder Pollen von Kuherbsen proteolytisch abzubauen (1), um auf diese Weise die Chromosomenverteilung in der Zygotenentwicklung gezielt zu stören und haploide Pflanzen zu erzeugen. Haploide sind eine wichtige Voraussetzung für die effiziente Züchtung dieser afrikanischen Kulturpflanze (2). Die Arbeiten umfassen Phage Display Screening-Experimente, um geeignete Nanobodies und/oder ScFv-Fragmente zu isolieren. Die geplanten Versuche umschließen die Expression und affinitätschromatografische Reinigung der Antikörperfragmente sowie ihre physische (Sequenzanalyse) und funktionelle Charakterisierung (Bindungskonstanten, Spezifität durch ELISA- und BIACORE-Techniken). Sie erhalten eine 6 Monate befristete Vergütung als Wissenschaftliche Hilfskraft (Voraussetzung für eine Stelle als Hilfskraft ist ein Bachelorabschluss und die Immatrikulation an einer Universität oder einer Hochschule in einem Masterstudiengang). Sie können auf Anfrage eine kostenpflichtige Unterkunft in Campusnähe mieten.

 

Wir erwarten Grundkenntnisse in Mikrobiologie, Biochemie und Genetic Engineering sowie ausgeprägtes Interesse an Genetik, Zellbiologie, Chromosomenbiologie und synthetischer Biologie. Die Arbeiten werden in der Arbeitsgruppe Phytoantikörper am IPK ([link]http://www.ipk-gatersleben.de/molekulare-genetik/phytoantikoerper/) in Kooperation mit der Arbeitsgruppe Chromosomenstruktur und –funktion ([link]http://www.ipk-gatersleben.de/zuechtungsforschung/chromosomenstruktur-und-funktion/) durchgeführt.

 

Baudisch B, Pfort I, Sorge E, Conrad U Nanobody-directed specific degradation of proteins by the 26S-proteasome in plants. Front. Plant Sci. 9 (2018) 130.

 

Ishii T, Karimi-Ashtiyani R, Houben A Haploidization via Chromosome Elimination: Means and Mechanisms. Annual Review of Plant Biology. Vol. 67 (2016) 421-438.

 

Anfragen und Bewerbungen an

 

Professor Dr. Udo Conrad, [link]conradu(at)ipk-gatersleben.de, 039482 / 5253 oder

 

Professor Dr. Andreas Houben, [link]Houben(at)ipk-gatersleben.de, 039482 / 5486