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Bachelor-/Masterarbeit
Thema: Entwicklung einer Datenbank mit angeschlossener Web-Anwendung zur Darstellung von Sequenzdaten-Zitationen in Literatur, Patenten und Datenbanken
Application period from until
Reference Number 21/05/21

In der Arbeitsgruppe Bioinformatik und Informationstechnologie wird das Management von Forschungsdaten unter Verwendung eines Laborinformationsmanagementsystems (LIMS) und einer zentralen relationalen Oracle-Datenbank durchgeführt. Weiterhin werden Webanwendungen entwickelt, die einen Zugriff auf die Forschungsergebnisse für die Community der Anwender*innen möglich machen und dabei die Datenbank- sowie LIMS-Strukturen verwenden.

Hintergrund:
Hintergrund möglicher Abschlussarbeiten am IPK-Gatersleben ist die Verknüpfung von Forschungsdaten, wie z. B. Nukleotidsequenzdaten (NSD) mit wissenschaftlichen Publikationen. Ziel ist die Verbesserung des Verständnisses der NSD Herkunft, wissenschaftlicher Nutzung und deren Wiederverwendung.

Zum Thema:
In einem Anwendungsfall sollen Datensätze aus dem European Nucleotide Archive extrahiert und mit Zitaten in frei zugänglichen Publikationen nachträglich verknüpft werden. Diese aus einem Textmining-Verfahren gewonnen Referenzen sollen in einer Datenbank abgelegt und durch eine interaktive Webanwendung so zugänglich gemacht werden, dass interaktive, visuelle Datenexploration ermöglicht wird. Darüber hinaus können weitere zugängige Datenbanken wie z. B. die Patentdatenbank des Europäischen Patentamtes oder ähnliche in die Anwendung einbezogen werden, so dass Rückschlüsse wissenschaftlicher Arbeiten auf erteilte Patente integriert und analysiert werden. Eine weitere Verknüpfungsoption stellt die Nutzung biologischer Ressourcen aus z. B. Genbanken und deren Verbindung zu molekularen Datensätzen dar.

Ihre Aufgaben:
Als ein konkreter Anwendungsfall sollen Statistiken von Länderclustern in Bezug auf den NSD-Zugang im Kontext der Diskussionen um digitale Sequenzinformationen im Rahmen der UN-Konvention zur biologischen Vielfalt visualisiert werden. Weiterhin wird es durch die Verknüpfung von Publikationen mit NSD-Datensätzen, geografischen Herkunftsinformationen der NSD und geografischen Informationen des Autors möglich, den Beitrag der NSD zu bewerten, um Trends im wissenschaftlichen Erkenntnisgewinn auf globaler Ebene abzuleiten. Die Arbeiten setzen auf eine ORACLE Datenbank und einer Webentwicklungsumgebung auf. Eine umfassende Einarbeitung wird von der Arbeitsgruppe Bioinformatik und Informationstechnologie durchgeführt.

Sie passen zu uns:
… wenn Sie eine Möglichkeit suchen, Ihren Bachelor- oder Masterabschluss außerhalb der Universität zu erlangen.
… wenn Sie interessiert an wissenschaftlicher Forschung sind und selbstständig arbeiten können.

Wir bieten Ihnen:
· Unterstützung durch und Zusammenarbeit mit kompetenten Kolleginnen und Kollegen.
· Vergütung als wissenschaftliche Hilfskraft befristet für bis zu 6 Monate.
· einen Arbeitsplatz am Standort Gatersleben und Unterstützung bei der Suche nach einer Unterkunft.

Fragen zur Stelle beantwortet Ihnen Dr. Matthias Lange (lange(at)ipk-gatersleben.de) gern auch direkt.

Was Sie noch wissen sollten:
Für uns zählen Ihre Qualifikationen und Stärken. Deshalb ist bei uns jeder – unabhängig von Geschlecht, Herkunft, Alter, Abstammung oder einer eventuellen Behinderung – willkommen. Das IPK strebt in den Bereichen, in denen Frauen unterrepräsentiert sind, eine Erhöhung des Frauenanteils an und fordert daher qualifizierte Frauen nachdrücklich zur Bewerbung auf.Als mit dem Zertifikat berufundfamilie ausgezeichnete Einrichtung bieten wir familienfreundliche Arbeitsbedingungen und flexible Arbeitszeiten. Das IPK hat sich zum Ziel gesetzt, mehr schwerbehinderte Menschen zu beschäftigen. Schwerbehinderte bevorzugen wir bei gleicher Eignung.

Haben wir Sie überzeugt?
Dann freuen wir uns auf Ihre Online-Bewerbung (http://www.ipk-gatersleben.de/stellenangebote). Bei Fragen oder für weitere Informationen steht Ihnen Stefanie Dreßler (jobs(at)ipk-gatersleben.de) gern zur Verfügung. Bitte geben Sie die Referenznummer 21/05/21 in Ihrer Korrespondenz an. Unvollständige Bewerbungsunterlagen können wir leider nicht berücksichtigen.