© Leibniz-Institut (IPK)

Mission

Die Mission der unabhängigen Arbeitsgruppe Metabolische Systeminteraktionen ist es, ein besseres Verständnis darüber zu entwickeln, welche Faktoren das Verhalten und die Interaktionen verschiedenen Teilsystemen innerhalb der Pflanze bestimmen. Die Gruppe verwendet computergestützte Ansätze, die sich auf die Analyse großskaliger metabolischer Netzwerken konzentrieren und arbeitet eng mit experimentellen Arbeitsgruppen am IPK und anderen Forschungseinrichtungen im In- und Ausland zusammen.

Zentrale Themen sind die Entwicklung von Fluss-Bilanz-Methoden zur Untersuchung von Gewebe- und Organwechselwirkungen, die rechnerische Integration des pflanzlichen Sekundärstoffwechsels und die Modellierung der Wechselwirkungen zwischen der Pflanze und ihrer Umwelt. Aus den gewonnene Erkenntnissen werden Strategien für ‘Metabolic Engineering’ entwickelt welche die Produktivität und Qualität von Kulturpflanzen steigern können.

scroll top

Projekte

Wir arbeiten momentan an den folgenden Themen und freuen uns über Studierende und PostDocs die unserem Team beitreten wollen:

  • Entwicklung und Anwendung von Multi-Organ bis hin zu Ganzpflanzen-Modellen
  • Modellierung und Analyse von CAM und C4 Photosynthese
  • Software-Entwicklung zur Rekonstruktion und Kuration metabolischer Netzwerke
  • Modellierung des Energiestoffwechsels von Schließzellen

scroll top

Mitarbeitende

NameEmailTelefon
Wissenschaftliches Personal
Cruz Stefano Andre cruz@ipk-gatersleben.de+49 39482 5-849
Gaikwad Mithil Ratnakar gaikwad@ipk-gatersleben.de+49 39482 5-143
Sahu Ankur sahu@ipk-gatersleben.de+49 39482 5-849
ToepferDr. Nadine toepfer@ipk-gatersleben.de+49 39482 5-866
Weder Jan-Niklas weder@ipk-gatersleben.de
Wissenschaftliche Gäste / Stipendiat
Soltani Fatemeh soltani@ipk-gatersleben.de+49 39482 5-849

scroll top

Publikationen

AutorTitel
2021

Sahu A, Blätke M-A, Szymański J J, Töpfer N:

Advances in flux balance analysis by integrating machine learning and mechanism-based models. Comput. Struct. Biotechnol. J. 19 (2021) 4626-4640. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.08.004

Töpfer N:

Environment-coupled models of leaf metabolism. Biochem. Soc. Trans. 49 (2021) 119–129. https://dx.doi.org/10.1042/BST20200059

2020

Seidel J:

Implementation and application of computational approaches to integrate generegulatory and metabolic networks. (Bachelor Thesis) Mittweida, Hochschule Mittweida, Fakultät Angewandte Computer- und Biowissenschaften (2020)

Töpfer N, Braam T, Shameer S, Ratcliffe R G, Sweetlove L J:

Alternative Crassulacean acid metabolism modes provide environment-specific water-saving benefits in a leaf metabolic model. Plant Cell 32 (2020) 3689-3705. https://dx.doi.org/10.1105/tpc.20.00132

scroll top