Anfang dieser Woche fand die diesjährige Deutsche Bioinformatikkonferenz statt. IPK-Wissenschaftlerin Dr. Mary-Ann Blätke hat die Veranstaltung mit organisiert und auf Twitter begleitet. Im Interview spricht sie über die Schwerpunkte, die Rolle der Pflanzenforschung und ihr persönliches Highlight.
© Leibniz-Institut (IPK)
„FAIR-Prinzipien müssen breiter gedacht werden“
Du warst mit Deinem IPK-Kollegen Evgeny Gladilin im Organisationskomitee. Wie hast Du die Konferenz erlebt?
Wir hatten bei der Organisation ein Jahr Vorlauf. Im Frühjahr mussten wir umschwenken von der in Halle geplanten Präsenzveranstaltung zu einem virtuellen Treffen. Insgesamt sind wir jedoch sehr zufrieden. Durch das virtuelle Format hatten wir in diesem Jahr auch 27 Teilnehmerinnen und Teilnehmer, die nicht aus Deutschland kamen. Insgesamt waren an den drei Tagen 171 Personen online dabei.
Was waren die Schwerpunkte der Konferenz?
Ein Fokus der Konferenz lag auf der Bildanalyse. Hier gab es eine tolle Keynote von Malia Gehan vom Danforth Centre in den USA, die sich mit Bildgebungssystemen und Sensorik in der Pflanzenforschung beschäftigt. Mit Blick auf das IPK bedeutet das, wie können wir Algorithmen nutzen, um aus den Aufnahmen - sei es aus der Pflanzenkulturhalle, sei es vom Feld - immer bessere Vorhersagemodelle für einzelne Merkmale zu entwickeln.
Was stand noch auf der Tagesordnung?
Ein weiterer Punkt war, wie wir künftig bestimmte dreidimensionale Strukturen, etwa von Proteinen, besser vorhersagen können. Zudem ging es um Fragen der Genomik, also wie können wir etwa das Pan-Genom bestimmter Pflanzen besser entschlüsseln. Das ist ja ein Punkt, mit dem sich am IPK auch Nils Stein schon seit mehreren Jahren beschäftigt. In dem Zusammenhang, hat übrigens auch Patrick König aus der AG BIT von Uwe Scholz ein Tool vorgestellt, um Sequenzunterschiede zwischen einer Vielzahl von Genotypen darzustellen.
Was war für Dich persönlich der spannendste Punkt der Tagung?
Mich hat die Keynote von Carol Goble aus Manchester beeindruckt. Im Kern hat sie gesagt, dass die FAIR-Prinzipien nicht nur allein auf Daten im engeren Sinne angewendet werden sollten, sondern auch auf die Tools, die wir zur Datenanalyse einsetzten. Grundsätzlich sollte ein Umdenken stattfinden. Es darf nicht mehr nur um eine einzelne Forscherin oder ein einzelnes Projekt gehen. Wir müssen den Blick weiten und auch unsere Instrumente der Wissenschaft in ihrer gesamten Breite zur Verfügung stellen. Die Umsetzung der FAIR-Prinzipien liegt in unser aller Verantwortung und biete gleichzeitig enorme Chancen. Nur so kann wissenschaftlicher Fortschritt erzielt werden.
Wie waren die Pflanzenforschung und auch die Region Mitteldeutschland vertreten?
Sehr gut! Neben unserem IPK waren das Leibniz-Institut für Pflanzenbiochemie (IPB), das Helmholtz Zentrum für Umweltforschung (UFZ) und die Uni aus Halle, das Julis-Kühn-Institut (JKI) aus Quedlinburg sowie das Deutsche Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung (iDiv) aus Leipzig bei der Konferenz vertreten. Und ich habe gemerkt, dass die Pflanzenforschung bei so Punkten wie Austausch, Vernetzung und Engagement eine Vorreiterrolle hat. Da können andere Bereiche vielleicht noch von uns lernen.
Wie geht es weiter?
Wir hoffen, 2022 die eigentlich für dieses Jahr geplante Präsenzveranstaltung in Halle nachholen zu können. Dann bin ich auch wieder im Organisationskomitee dabei. Die Teilnehmer erwarten wieder hochkarätige Sprecher, aber mehr verrate ich noch nicht.