Abschlussarbeiten

    2018

      • Daniel Arend
        Nachhaltige Infrastruktur zur Forschungsdatenpublikation am Beispiel von Hochdurchsatz-Pflanzenphänotypisierungsdaten
        Dissertation, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2018

       

      • Florian Schilling
        Analyse des Pan-Transkriptoms von Weizen und Erstellung von PAV Markern zur Vorhersage der Hybridleistung.
        Masterarbeit, Hochschule Anhalt, Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2018

       

        • Markus Schwalbe
          Erstellung eines Tools zur Vorhersage von CRISPR/Cas Transformationseffizienzen und Off-Target Effekten.
          Bachelorarbeit, Hochschule Mittweida, Fakultät: Angewandte Computer- und Biowissenschaften & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2018

       

        • Enrico Stöbe
          Entwicklung eines webbasierten Informationssystems und einem programmatischen Interface zur Integration von Sensorikdaten aus Pflanzenphänotypisierungsanlagen.
          Bachelorarbeit, Hochschule Mittweida, Fakultät: Angewandte Computer- und Biowissenschaften & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2018

      2017

        • Sebastian Beier
          Engineering of a Semi-automatic Pipeline for the Construction of a Reference Genome Sequence for Barley (Hordeum vulgare L.) and Evaluation of Assembly Quality.
          Dissertation, Universität Bielefeld, Biologische Fakultät & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2017

         

        • Chris Ulpinnis
          Entwicklung einer Pipeline für eine verbesserte Genvorhersage durch die
          Verknüpfung von Assemblierungsdaten mittels RNA-seq Daten.
          Masterarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2017

         

        • Martin Basterrechea
          Web-Interface to browse, filter and visualize plant genotyping data.
          Masterarbeit, Lund University, Faculty of Science, Sweden & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2017

      2016

        • Florian Schilling
          Vergleich der Assembler ABySS, SOAPdenovo2 und Velvet mit CLC Assembly Cell anhand von 653 Gersten-BACs.
          Praktikumsbericht, Hochschule Anhalt, Köthen, 2016

         

        • Florian Schilling
          Entwicklung einer integrierten Pipeline zur automatisierten Assemblierung von Gersten BACs.
          Praktikumsbericht, Hochschule Anhalt, Köthen, 2016

         

        • Thomas Schmutzer
          Strategies to Detect Genetic Diversity in Plants.
          Dissertation, Friedrich-Schiller-Universität Jena, Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät, 2016

      2015

        • Florian Schilling
          Analyse von Genstrukturen in der Kulturpflanze Gerste.
          Bachelorarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2015

      2014

        • Christian Colmsee
          Datenmanagement und Visualisierung von BAC-Netzwerken zur Unterstützung der Sequenzierung des Gerstengenoms.
          Masterarbeit, Hochschule Harz, Wernigerode, 2014

         

        • Martin Mascher
          POPSEQ Anchoring and ordering contig assemblies from next generation sequencing data by population sequencing.
          Dissertation, Universität Bielefeld, Technische Fakultät, 2014

      2013

        • Fabian Bull
          Visualisation of next-generation sequencing data using Hilbert curves and their application to two species of lentibulariaceae.
          Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
            
        • Maria Esch
          Effizienzsteigerung des Life-Science-IR-Systems LAILAPS mittels Suchanfragenerweiterung.
          Masterarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
           
        • Denny Hecht
          Konzeption und Implementierung eines Freigabeservices zur Registrierung von DOI-Nummern für IPK-Primärdaten.
          Bachelorarbeit, Hochschule Harz (FH), Fachbereich Automatisierung und Informatik, Wernigerode & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
           
        • Martin Gellner
          Evaluating the impact of genome quality on RNA-seq analysis.
          Masterarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
           
        • Chris Ulpinnis
          Evaluation von Fehlerkorrektur-Algorithmen für Sequenzdaten in komplexen Pflanzengenomen.
          Bachelorarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013

         

        • Victoria Pratzka
          In silico Analysis of Genes Involved in the Initiation of Barley Pollen Embryogenesis.
          Bachelorarbeit, Hochschule Mittweida (FH), Mittweida & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
           
        • Victoria Pratzka
          In silico Analysis of Genes Involved in the Initiation of Barley Pollen Embryogenesis.
          Praktikumsbericht, Hochschule Mittweida (FH), Mittweida & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013

         

        • Anne-Kathrin Behrens
          Modellierung und Simulation des Purin-Abbaus in der Hefe Arxula adeninivorans.
          Bachelorarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013

         

       

      2012

       

         

        • Burkhard Steuernagel
          Next Generation Sequence Analysis of the Highly Repetitive Barley Genome.
          Dissertation, Friedrich-Schiller-Universität Jena, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät, 2012
           
        • David Wolff
          Sequenzanalyse und Visualisierung von Triticum aestivum BACs.
          Bachelorarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK), Gatersleben, 2012
           
        • Anne-Kathrin Behrens
          Visualisierung von Stoffwechselwegen und Expressionsdaten für Arxula adeninivorans.
          Praktikumsbericht, Hochschule Anhalt (FH), Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK), Gatersleben, 2012
           
        • Daniel Arend
          Konzeption und Implementierung einer Datenhaltungsinfrastruktur zur digitalen Langzeitarchivierung und dauerhaften Zitierbarkeit biologischer Primärdaten am Beispiel von "Next-Generation-Sequencing"-Daten.
          Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2012
          Preisträger des Förderpreises der CANTOR® Unternehmensberatung GmbH 2012
           
        • David Wolff
          Visualisierung von Sequenzdaten mittels Circos und GBrowse.
          Praktikumsarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Fachbereich Angewandte Biowissenschaften und Prozesstechnik, Köthen, 2012
           
        • Benjamin Röhl
          Entwurf und Implementierung einer Software zur Registrierung von DOI-Nummern für IPK-Primärdaten.
          Bachelorarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2012

         

       

      2011

       

         

        • Isabelle Scarlett Schönherr
          Assemblierung und Analyse des Vitis vinifera Genoms der Rebsorte Riesling.
          Bachelorarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2011
           
        • Christian Friedrich
          Entwurf und Implementierung einer JAVA-API zum Zugriff und zur DBMS-unabhängigen Persistierung von Bild- und Metadaten aus einer Pflanzenphänotypisierungsanlage.
          Diplomarbeit, Hochschule Harz (FH), Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2011
           
        • Anja Bachmann
          Anfrageranking in Suchmaschinen der Lebenswissenschaften unter Berücksichtigung der Bewertung von Querverweisen.
          Bachelorarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2011

         

       

      2009

       

         

        • S. Weise
          Integrierte Analyse pflanzenbiologischer Daten unter besonderer Berücksichtigung der Datenqualität
          Dissertation, Universität Bielefeld, Technische Fakultät, 2009
           
        • S. Köhler
          Entwicklung einer Strategie zur Etablierung einer BarCyc-Datenbank mit Informationen über metabolische Netzwerke in der Gerste.
          Bachelorarbeit, Hochschule für Telekommunikation (FH), Leipzig, 2009
           
        • J. Sturm
          Visualisierungsstrategien für bioinformatische Anwendungen.
          Diplomarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Fachbereich Informatik, 2009
           
        • M. Günther
          Konzeption und Implementierung einer Textindexierungsinfrastruktur zur Parallelisierung von Suchmaschinen in den Lebenswissenschaften.
          Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2009
           
        • C. Colmsee
          Reengineering des SBML-Exporters für das metabolische Netzwerkinformationssystem MetaCrop.
          Diplomarbeit, Hochschule Harz (FH), Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2009
           
        • C. Wittwer
          Herleitung und Extraktion von Schematagraphen aus integrierten Datenbanken der Lebenswissenschaften.
          Studien- und Bachelor-Arbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2009
           
        • J. Bargsten
          Nutzerprofilgestütztes Schätzen von Rankingparametern für Suchmaschinen-Anfragen an integrierte biologische Datenbanken.
          Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2009

         

       

      2008

       

         

        • T. Schmutzer
          Evaluierung von Assemblierungswerkzeugen für Hochdurchsatz-Sequenzierungs-Techniken.
          Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2008
           
        • R. Schmidt
          Visualisierung komplexer biologischer 3D-Datensätze über ein Client-Server-System
          Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2008

         

       

      2007

       

         

        • S. Heiß
          Entwicklung eines Data-Warehouses für pflanzengenetische Diversitätsstudien
          Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2007
           
        • M. Klapperstück
          Konzeption und Umsetzung einer Graphanfragesprache zur nicht-materialisierten Integration biologischer Datenquellen
          Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2007
           
        • J. H. Koopmann
          Integrierte plattformübergreifende Normalisierung von Expressionsdaten
          Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2007
           
        • M. Suray
          Methoden und Werkzeuge zur automatischen Indexierung und Schemaextraktion über Deep-Web-Datenquellen
          Diplomarbeit, Universität Bielefeld, Technische Fakultät, 2007
           
        • K. Spies
          Integration von Bioinformatikdatenbanken und -anwendungen des IPK Gatersleben mittels Web-Services in die internationale Bioinformatik-Infrastruktur
          Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2007
           
        • J. Totz
          Workflow-supported Analysis of Gene Expression Data
          Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2007
           
        • E. Wilhelmi
          Reengineering der MOMA – Datenbank
          Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2007
           
        • M. Xia
          Hierarchische Datenbankanfrage auf integrierte Datenbanken zur Funktionsklassifikation von molekularbiologischen Daten
          Diplomarbeit, Universität Bielefeld, Technische Fakultät, 2007

         

       

      2006

       

         

        • U. Kaule
          Analyse und Strukturierung von Workflows im Anwendungsfeld bioinformatischer Prozesse
          Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2006
           
        • M. Lange
          Methoden zum homogenen Zugriff und zur Integration heterogener, biologischer Datenquellen mittels beschränkter Zugriffsmuster. 
          Dissertation, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2006
           
        • A. Riedel
          Konzept zur Daten- und Anwendungsintegration zur Analyse von Gen-Expressionsdaten. 
          Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2006
           
        • T. Rutkowski
          Entwurf und Entwicklung einer Datenbanklösung zur Verwaltung des IPK Barley Tissue Panels. 
          Diplomarbeit, Fachhochschule Harz,Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2006
           
        • K. Spies
          Implementierung einer grafischen Nutzeroberfläche zur Administration und Verwaltung von Datenbankzugriffsrechten für ORACLE Virtual Private Database
          Projektarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2006
           
        • K. Spies
          Integration von Bioinformatikdatenbanken und -anwendungen des IPK Gatersleben mittels Web-Services in die internationale Bioinformatik-Infrastruktur
          Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2006
           
        • T. Tischler
          Konzept, Entwurf und Implementierung einer Integrationslösung für Anwendungen in der Bioinformatik
          Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2006

         

       

      2005

       

         

        • T. Rutkowski
          Konzeption und Implementation einer plattformunabhängigen Importsoftware für ORACLE Datenbanken
          Projektarbeit, Fachhochschule Harz, Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2005
           
        • A. Seitz
          Konzept und Entwurf eines Vorgehensmodells zur Entwicklung von anwenderspezifischen Datenbanklösungen im Bereich Bioinformatik
          Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2005
           
        • M. Soffner
          Konzept und Entwicklung eines Offline-Tools zum Graphmining auf integrierten molekularbiologischen Daten
          Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2005

         

       

      2004

       

         

        • S. Germer
          Konzeption und Implementierung von Webservices zur Integration von Methoden aus der Bioinformatik
          Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2004
           
        • F. Hertel
          Entwicklung einer datenbankgestützten Nutzerverwaltungs- und Zugriffsrechtekomponente als Middleware zwischen Web-Applikationen und molekularbiologischen Datenbanken
          Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2004
           
        • T. Rutkowski
          Weiterentwicklung der FLAREX-Datenbank - Erstellung der Benutzerschnittstelle
          Studienarbeit, Fachhochschule Harz, Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2004

         

       

      2003

       

         

        • S. Flemming
          Entwicklung einer webbasierten Datenbankanwendung zur Vorverarbeitung und Verwaltung von Daten aus pflanzengenetischen Experimenten
          Diplomarbeit, Fachhochschule Harz,Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2003
           
        • M. Pukall
          Interaktive Visualisierung von Sequenzalignments und Open Reading Frames
          Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2003
           
        • A. Seitz
          MARKER-DB - ein Informationssystem zur Verwaltung von molekularen Markern: Anwendungsentwicklung
          Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2003
           
        • M. Soffner
          MARKER-DB - ein Informationssystem zur Verwaltung von molekularen Markern: Entwicklung der Datenhaltungskomponente
          Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2003

         

       

      2002

       

         

        • C. Künne
          Reengineering der B-EST Datenbank. 
          Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2002