Abschlussarbeiten

2019

  • Feng Liu
    Aufbau einer effizienten API zu der Generierung semantischer Metadaten am Beispiel Pflanzenphänotypisierungsdaten
    Masterarbeit, Fachhochschule Anhalt (Köthen), Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2019

2018

  • Daniel Arend
    Nachhaltige Infrastruktur zur Forschungsdatenpublikation am Beispiel von Hochdurchsatz-Pflanzenphänotypisierungsdaten
    Dissertation, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2018
  •  
  • Florian Schilling
    Analyse des Pan-Transkriptoms von Weizen und Erstellung von PAV Markern zur Vorhersage der Hybridleistung.
    Masterarbeit, Hochschule Anhalt, Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2018
  •  
  • Markus Schwalbe
    Erstellung eines Tools zur Vorhersage von CRISPR/Cas Transformationseffizienzen und Off-Target Effekten.
    Bachelorarbeit, Hochschule Mittweida, Fakultät: Angewandte Computer- und Biowissenschaften & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2018
  •  
  • Enrico Stöbe
    Entwicklung eines webbasierten Informationssystems und einem programmatischen Interface zur Integration von Sensorikdaten aus Pflanzenphänotypisierungsanlagen.
    Bachelorarbeit, Hochschule Mittweida, Fakultät: Angewandte Computer- und Biowissenschaften & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2018

2017

  • Sebastian Beier
    Engineering of a Semi-automatic Pipeline for the Construction of a Reference Genome Sequence for Barley (Hordeum vulgare L.) and Evaluation of Assembly Quality.
    Dissertation, Universität Bielefeld, Biologische Fakultät & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2017
  •  
  • Chris Ulpinnis
    Entwicklung einer Pipeline für eine verbesserte Genvorhersage durch die
    Verknüpfung von Assemblierungsdaten mittels RNA-seq Daten.
    Masterarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2017
  •  
  • Martin Basterrechea
    Web-Interface to browse, filter and visualize plant genotyping data.
    Masterarbeit, Lund University, Faculty of Science, Sweden & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, 2017

2016

  • Florian Schilling
    Vergleich der Assembler ABySS, SOAPdenovo2 und Velvet mit CLC Assembly Cell anhand von 653 Gersten-BACs.
    Praktikumsbericht, Hochschule Anhalt, Köthen, 2016
  •  
  • Florian Schilling
    Entwicklung einer integrierten Pipeline zur automatisierten Assemblierung von Gersten BACs.
    Praktikumsbericht, Hochschule Anhalt, Köthen, 2016
  •  
  • Thomas Schmutzer
    Strategies to Detect Genetic Diversity in Plants.
    Dissertation, Friedrich-Schiller-Universität Jena, Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät, 2016

2015

  • Florian Schilling
    Analyse von Genstrukturen in der Kulturpflanze Gerste.
    Bachelorarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2015

2014

  • Christian Colmsee
    Datenmanagement und Visualisierung von BAC-Netzwerken zur Unterstützung der Sequenzierung des Gerstengenoms.
    Masterarbeit, Hochschule Harz, Wernigerode, 2014
  • Martin Mascher
    POPSEQ Anchoring and ordering contig assemblies from next generation sequencing data by population sequencing.
    Dissertation, Universität Bielefeld, Technische Fakultät, 2014

2013

  • Fabian Bull
    Visualisation of next-generation sequencing data using Hilbert curves and their application to two species of lentibulariaceae.
    Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
      
  • Maria Esch
    Effizienzsteigerung des Life-Science-IR-Systems LAILAPS mittels Suchanfragenerweiterung.
    Masterarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
  •  
  • Denny Hecht
    Konzeption und Implementierung eines Freigabeservices zur Registrierung von DOI-Nummern für IPK-Primärdaten.
    Bachelorarbeit, Hochschule Harz (FH), Fachbereich Automatisierung und Informatik, Wernigerode & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
     
  • Martin Gellner
    Evaluating the impact of genome quality on RNA-seq analysis.
    Masterarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
     
  • Chris Ulpinnis
    Evaluation von Fehlerkorrektur-Algorithmen für Sequenzdaten in komplexen Pflanzengenomen.
    Bachelorarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, Halle & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
  • Victoria Pratzka
    In silico Analysis of Genes Involved in the Initiation of Barley Pollen Embryogenesis.
    Bachelorarbeit, Hochschule Mittweida (FH), Mittweida & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
     
  • Victoria Pratzka
    In silico Analysis of Genes Involved in the Initiation of Barley Pollen Embryogenesis.
    Praktikumsbericht, Hochschule Mittweida (FH), Mittweida & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013
  • Anne-Kathrin Behrens
    Modellierung und Simulation des Purin-Abbaus in der Hefe Arxula adeninivorans.
    Bachelorarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, Gatersleben, 2013

2012

  • Burkhard Steuernagel
    Next Generation Sequence Analysis of the Highly Repetitive Barley Genome.
    Dissertation, Friedrich-Schiller-Universität Jena, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät, 2012
     
  • David Wolff
    Sequenzanalyse und Visualisierung von Triticum aestivum BACs.
    Bachelorarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK), Gatersleben, 2012
     
  • Anne-Kathrin Behrens
    Visualisierung von Stoffwechselwegen und Expressionsdaten für Arxula adeninivorans.
    Praktikumsbericht, Hochschule Anhalt (FH), Köthen & Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK), Gatersleben, 2012
     
  • Daniel Arend
    Konzeption und Implementierung einer Datenhaltungsinfrastruktur zur digitalen Langzeitarchivierung und dauerhaften Zitierbarkeit biologischer Primärdaten am Beispiel von "Next-Generation-Sequencing"-Daten.
    Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2012
    Preisträger des Förderpreises der CANTOR® Unternehmensberatung GmbH 2012
     
  • David Wolff
    Visualisierung von Sequenzdaten mittels Circos und GBrowse.
    Praktikumsarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Fachbereich Angewandte Biowissenschaften und Prozesstechnik, Köthen, 2012
     
  • Benjamin Röhl
    Entwurf und Implementierung einer Software zur Registrierung von DOI-Nummern für IPK-Primärdaten.
    Bachelorarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2012

2011

  • Isabelle Scarlett Schönherr
    Assemblierung und Analyse des Vitis vinifera Genoms der Rebsorte Riesling.
    Bachelorarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2011
     
  • Christian Friedrich
    Entwurf und Implementierung einer JAVA-API zum Zugriff und zur DBMS-unabhängigen Persistierung von Bild- und Metadaten aus einer Pflanzenphänotypisierungsanlage.
    Diplomarbeit, Hochschule Harz (FH), Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2011
     
  • Anja Bachmann
    Anfrageranking in Suchmaschinen der Lebenswissenschaften unter Berücksichtigung der Bewertung von Querverweisen.
    Bachelorarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2011

2009

  • S. Weise
    Integrierte Analyse pflanzenbiologischer Daten unter besonderer Berücksichtigung der Datenqualität
    Dissertation, Universität Bielefeld, Technische Fakultät, 2009
     
  • S. Köhler
    Entwicklung einer Strategie zur Etablierung einer BarCyc-Datenbank mit Informationen über metabolische Netzwerke in der Gerste.
    Bachelorarbeit, Hochschule für Telekommunikation (FH), Leipzig, 2009
     
  • J. Sturm
    Visualisierungsstrategien für bioinformatische Anwendungen.
    Diplomarbeit, Hochschule Anhalt (FH), Fachbereich Informatik, 2009
     
  • M. Günther
    Konzeption und Implementierung einer Textindexierungsinfrastruktur zur Parallelisierung von Suchmaschinen in den Lebenswissenschaften.
    Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2009
     
  • C. Colmsee
    Reengineering des SBML-Exporters für das metabolische Netzwerkinformationssystem MetaCrop.
    Diplomarbeit, Hochschule Harz (FH), Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2009
     
  • C. Wittwer
    Herleitung und Extraktion von Schematagraphen aus integrierten Datenbanken der Lebenswissenschaften.
    Studien- und Bachelor-Arbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2009
     
  • J. Bargsten
    Nutzerprofilgestütztes Schätzen von Rankingparametern für Suchmaschinen-Anfragen an integrierte biologische Datenbanken.
    Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2009

2008

  • T. Schmutzer
    Evaluierung von Assemblierungswerkzeugen für Hochdurchsatz-Sequenzierungs-Techniken.
    Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2008
     
  • R. Schmidt
    Visualisierung komplexer biologischer 3D-Datensätze über ein Client-Server-System
    Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2008

2007

  • S. Heiß
    Entwicklung eines Data-Warehouses für pflanzengenetische Diversitätsstudien
    Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2007
     
  • M. Klapperstück
    Konzeption und Umsetzung einer Graphanfragesprache zur nicht-materialisierten Integration biologischer Datenquellen
    Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2007
     
  • J. H. Koopmann
    Integrierte plattformübergreifende Normalisierung von Expressionsdaten
    Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2007
     
  • M. Suray
    Methoden und Werkzeuge zur automatischen Indexierung und Schemaextraktion über Deep-Web-Datenquellen
    Diplomarbeit, Universität Bielefeld, Technische Fakultät, 2007
     
  • K. Spies
    Integration von Bioinformatikdatenbanken und -anwendungen des IPK Gatersleben mittels Web-Services in die internationale Bioinformatik-Infrastruktur
    Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2007
     
  • J. Totz
    Workflow-supported Analysis of Gene Expression Data
    Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2007
     
  • E. Wilhelmi
    Reengineering der MOMA – Datenbank
    Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2007
     
  • M. Xia
    Hierarchische Datenbankanfrage auf integrierte Datenbanken zur Funktionsklassifikation von molekularbiologischen Daten
    Diplomarbeit, Universität Bielefeld, Technische Fakultät, 2007

2006

  • U. Kaule
    Analyse und Strukturierung von Workflows im Anwendungsfeld bioinformatischer Prozesse
    Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2006
     
  • M. Lange
    Methoden zum homogenen Zugriff und zur Integration heterogener, biologischer Datenquellen mittels beschränkter Zugriffsmuster. 
    Dissertation, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2006
     
  • A. Riedel
    Konzept zur Daten- und Anwendungsintegration zur Analyse von Gen-Expressionsdaten. 
    Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2006
     
  • T. Rutkowski
    Entwurf und Entwicklung einer Datenbanklösung zur Verwaltung des IPK Barley Tissue Panels. 
    Diplomarbeit, Fachhochschule Harz,Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2006
     
  • K. Spies
    Implementierung einer grafischen Nutzeroberfläche zur Administration und Verwaltung von Datenbankzugriffsrechten für ORACLE Virtual Private Database
    Projektarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2006
     
  • K. Spies
    Integration von Bioinformatikdatenbanken und -anwendungen des IPK Gatersleben mittels Web-Services in die internationale Bioinformatik-Infrastruktur
    Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Institut für Informatik, 2006
     
  • T. Tischler
    Konzept, Entwurf und Implementierung einer Integrationslösung für Anwendungen in der Bioinformatik
    Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2006

2005

  • T. Rutkowski
    Konzeption und Implementation einer plattformunabhängigen Importsoftware für ORACLE Datenbanken
    Projektarbeit, Fachhochschule Harz, Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2005
     
  • A. Seitz
    Konzept und Entwurf eines Vorgehensmodells zur Entwicklung von anwenderspezifischen Datenbanklösungen im Bereich Bioinformatik
    Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2005
     
  • M. Soffner
    Konzept und Entwicklung eines Offline-Tools zum Graphmining auf integrierten molekularbiologischen Daten
    Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2005

2004

  • S. Germer
    Konzeption und Implementierung von Webservices zur Integration von Methoden aus der Bioinformatik
    Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2004
     
  • F. Hertel
    Entwicklung einer datenbankgestützten Nutzerverwaltungs- und Zugriffsrechtekomponente als Middleware zwischen Web-Applikationen und molekularbiologischen Datenbanken
    Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2004
     
  • T. Rutkowski
    Weiterentwicklung der FLAREX-Datenbank - Erstellung der Benutzerschnittstelle
    Studienarbeit, Fachhochschule Harz, Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2004

2003

  • S. Flemming
    Entwicklung einer webbasierten Datenbankanwendung zur Vorverarbeitung und Verwaltung von Daten aus pflanzengenetischen Experimenten
    Diplomarbeit, Fachhochschule Harz,Wernigerode, Fachbereich Automatisierung und Informatik, 2003
     
  • M. Pukall
    Interaktive Visualisierung von Sequenzalignments und Open Reading Frames
    Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2003
     
  • A. Seitz
    MARKER-DB - ein Informationssystem zur Verwaltung von molekularen Markern: Anwendungsentwicklung
    Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2003
     
  • M. Soffner
    MARKER-DB - ein Informationssystem zur Verwaltung von molekularen Markern: Entwicklung der Datenhaltungskomponente
    Studienarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, 2003

2002

  • C. Künne
    Reengineering der B-EST Datenbank. 
    Diplomarbeit, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Fakultät für Informatik, Institut für Technische und Betriebliche Informationssysteme, 2002