Bioinformatik

Bioinformatik und IT-Infrastruktur

Die Entwicklung in den Naturwissenschaften hin zu Datenwissenschaften ist allgegenwärtig. Nicht nur die Erfassung komplexer Genom-, Proteom- und Metabolomdaten, sondern auch ein verstärktes Umweltmonitoring und ein Bedeutungsgewinn bildgebender Verfahren sind maßgebliche Treiber der zunehmenden Digitalisierung in der Biologie und so auch in den Pflanzenwissenschaften.

Damit diese Anforderungen permanent erfüllt werden können, wird am IPK eine umfassende und leistungsfähige IT-Infrastruktur betrieben und kontinuierlich ausgebaut. Dazu gehören leistungsfähige interne Netzwerksysteme mit redundanten Verbindungen an das Deutsche Forschungsnetz (DFN), Speichersysteme, Compute-Infrastruktur zur Datenanalyse, zentrale Archivierungslösungen, verschiedene Datenbanksysteme, ein zentrales Laborinformationsmanagementsystem (LIMS) und eine Vielzahl von Webservern für die Repräsentation der Informationen.

Für die Anwender werden von der Bioinformatik eine Reihe von Datenbanken, d.h. sogenannte webbasierte Informationssysteme, angeboten. Darüber hinaus sind verschiedene Analysewerkzeuge über die Webseiten verfügbar.

Ein Arbeitsschwerpunktder bioinformatischen und informationstechnischen Aktivitäten ist die Transformation des IPK zu einem bio-digitalen Ressourcenzentrum. Um dies zu erreichen, werden die angebotenen Datenbanken und „Tools“ ständig weiterentwickelt. Darüber hinaus sind in einem Data-Stewardship-Prozess die Informationen und Forschungsergebnisse zu kurieren, eindeutig identifizierbar zu machen und Verknüpfungen zu implementieren.

Um die erzeugten Forschungsergebnisse, dauerhaft, strukturiert und frei zugänglich zu halten, ist aber ebenso die Beteiligung an nationalen und internationalen Initiativen essentiell. Hier arbeitet das IPK aktiv in Initiativen wie dem Deutschen Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur „de.NBI“, dem europäischen Infrastruktur-Netzwerk für die Lebenswissenschaften „ELIXIR“, dem DataCite-Konsortium sowie im GO-FAIR Konsortium mit. FAIR (steht dafür, dass wissenschaftliche Daten auffindbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar bleiben (Findability, Accessibility, Interoperability, Reuse). Hauptziel der FAIR Data Prinzipien ist die optimale Aufbereitung der Forschungsdaten für Forschende in aller Welt und für maschinelle Analysen.

Kontakt Bioinformatik:
Tel.: 039482/ 5513
Mail: bioinformatics(at)ipk-gatersleben.de