Der Wissenschaftliche Beirat berät laut Satzung den Stiftungsrat und das Direktorium in wissenschaftlichen und technischen Fragen. Er bereitet insbesondere die Entscheidungen des Stiftungsrates und des Direktoriums zu den Aufgaben § 11 Abs. 1 Buchst. a bis d vor und ist verantwortlich für die Bewertung der Ergebnisse der wissenschaftlich-technischen Arbeiten; hierfür kann er Ad-hoc-Kommissionen mit externen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern bilden. Er fördert die Verbindung mit Einrichtungen des In- und Auslandes, die auf dem Arbeitsgebiet der Stiftung tätig sind.

Der Wissenschaftliche Beirat besteht aus wenigstens sechs und höchstens zwölf Mitgliedern.

Die Mitglieder des Wissenschaftlichen Beirates werden vom Stiftungsrat im Benehmen mit der Geschäftsführung für jeweils vier Jahre ernannt.

Aktuelle Mitglieder:

• Prof. Dr. Bernd Müller-Röber, Universität Potsdam, Institut für Biochemie und Biologie (Vorsitzender) 
• Prof. Dr. Karin Schumacher, Centre for Organismal Studies der Rubrechts-Karls-Universität, Heidelberg (Stellvertretende Vorsitzende) 
• Prof. Dr. Steffen Abel, Leibniz-Institut für Pflanzenbiochemie, Halle
• Prof. Dr. Alison Bentley, CIMMYT International Maize and Wheat Improvement Center, Mexico
• Prof. Dr. Klaus Mayer, Helmholtz Zentrum München, Pflanzengenome und Systembiologie
• Dr. Karin Herbers, Regional Head of R&D Americas, BASF Vegetable Seeds, Davis, USA
• Dr. Ortrun Mittelsten Scheid, Gregor Mendel Institut für Molekulare Pflanzenbiologie GmbH, Wien
• Prof. Dr. Maria von Korff Schmising, Max-Planck-Institut für Pflanzenzüchtungsforschung, Köln
• Prof. Dr. Achim Walter, ETH Zürich, Institut für Agrarwissenschaften